RNA-Seq

2023.11.09

RNA Sequencing (RNA-Seq) はシークエンサーを利用した遺伝子発現量の定量方法の一つである。解析の流れとして、(1) シークエンサーから出力されたリードに対してクオリティコントロールを行い、(2) クリーニング後のリードをリファレンス配列にマッピングし、そして、(3) どの遺伝子領域に何本のリードがマッピングされたかを集計する。このように遺伝子領域毎に集計されるリード数は、その遺伝子の相対発現量とみなすことができる。

発現量を定量してから、目的に応じて解析を進める。例えば、対象群と処理群のサンプル同士の発現量を比較し、どのような遺伝子の発現が促進されあるいは抑制されたかを明らかにすることで、その処理に応答する遺伝子やその応答メカニズムを解明できるようになるかもしれない。また、サンプルを時系列となっていれば、各々の遺伝子の時系列発現プロファイルとフェノタイプの間の関係をモデリングによって解明できるようになるかもしれない。RNA-Seq を利用することで様々な分子メカニズムをゲノムワイドに解明できるようになる。