featureCounts は、マッピング結果からどの feature 領域（gene、CDS、exon など）に何本のリードがマッピングされたのか集計するプログラムである。featureCounts は Subread パッケージに実装されている数多いプログラムの一つであるので、featureCounts を利用する際に Subread をインストールすればよい。

single-end リード

single-end のマッピング結果の BAM ファイル 1 つだけに対して、エクソン領域にマッピングされたリードのみを計上し（-t exon）、その後、遺伝子名ごとに集計する（-g gene_id）。エクソン領域や遺伝子名のアノテーションファイルは -a の引数として与える。

featureCounts -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt mapping_results.bam

複数の BAM ファイルに対して一括に集計する場合は、ワイルドカード * を利用する。

featureCounts -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt *.bam

strand-specific single-end read の場合、-s で方向を指定する。-s 1 ならば forward、-s 2 ならば reverse となる。

featureCounts -s 1 -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt mapping_results.bam
featureCounts -s 2 -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt mapping_results.bam

paired-end リード

paired-end リードの場合は、-p を付けることによって、1 リードペアを 1 として計上して集計を行う。

featureCounts -p -t exon -g gene_id -a annotation.gtf -o counts.txt *.bam

featureCounts オプション

featureCounts には多くのオプションが用意されている。ここではよく使われるものだけを取り上げる。