2. プログラミング言語

バイオインフォマティクスの分野では、研究目的に応じてさまざまなプログラミング言語が使い分けられています。例えば、タンパク質科学や計算化学の分野では、分子動力学計算のような計算量の大きい処理が多いため、FORTRAN や C などが広く利用されています。一方、ゲノム配列解析や統計解析は、主に文字列処理や数値処理から構成されているため、短いコードを素早く記述して実行できる Python や R などが便利です。本章では、こうした背景を踏まえ、システムや開発環境をはじめとして、シェルスクリプトやバイオインフォマティクスの分野でよく用いられているプログラミング言語について簡単に紹介します。

……と理屈ではそうなのですが、「用途に応じて使い分け」と言いつつ、結局いつも同じ言語を使ってしまうというのが現実です。新しい言語を学ぶより、締切の方が早くやって来ますからね。