バイオインフォマティクスの分野において、日々、様々なソフトウェアが開発されている。これらのソフトウェアのほとんどは、CUI (Character User Interface) いわゆるキーボートでコマンド（命令）を入力して実行するものである。そのため、バイオインフォマティクスの分野では、CUI 操作に優れている Linux や Macintosh がよく使われている。小規模な解析ならば、Macintosh を使うこともあるが、大規模なデータを数日かけて処理するような場合は、Linux が一択になることがほとんどである。

Linux は基本的に CUI ベースでソフトウェアにインストールしたり、データを解析したりする。最近の Linux ではマウスによる操作も便利になってきている。しかし、効率よくデータ解析を進めていくには、Linux のディレクトリ構造を把握したり、基本的な Linux コマンドを身に付けたりする必要がある。このページでは、Linux を利用する上で、Linux の一般的な知識やよく使われているコマンドについて紹介する。