塩基配列解析とアミノ酸配列解析

配列解析

2021.03.30

• 配列
  • 情報量
  • シーケンスロゴ
  • 置換行列
  • プロファイル
• アラインメント
  • グローバルアラインメント
  • ローカルアラインメント
  • ソフトウェア
    • Clustal Omega
    • CD-HIT
• 相同性検索
  • FASTA
  • BLAST

タンパク質は、生物が生命活動する上で欠かせない物質である。生体内に存在している多様なタンパク質はすべて、複数のアミノ酸が 1 列に繋がることによって作られる。このように、アミノ酸が 1 列に繋がったものを、アミノ酸配列と呼ぶ。タンパク質を構成するアミノ酸は 20 種類ある。この 20 種類のアミノ酸は A（アラニン）、C （システイン）、D（アスパラギン酸）などのように、アルファベット 1 文字で記載することができる。したがって、アミノ酸配列は、例えば次のように、アルファベット 1 文字表記によって記述することができる。

TPEMPVLENRAAQGNITAPGGARRLTGDQTAALRNSLSDKPAKNIILLIGDGMGDSEITA
ARNYAEGAGGFFKGIDALPLTGQYTHYALNKKTGKPDYVTDSAASATAWSTGVKTYNGAL
GVDIHEKDHPTILEMA

アミノ酸配列は、DNA から作られる。DNA は塩基とよばれる化合物で作られる。塩基は A（アデニン）、C（シトシン）、G（グアニン）および T（チミン）の 4 種類からなる。このらの塩基が 1 列に並んだものが DNA である。したがって、タンパク質がアミノ酸配列で表せるように、DNA （核酸）は塩基配列で表せる。

TTCCTGGNCTGTAGGTAGCGACTACAGTTAGGGGGCACCTAGCATTCAGGCCCTCATCCT
CCTCCTTCCCAGCAGGGTGTCACGCTTCTCCGAAGACTGGATGACTGCCATGGAGGAGTC

配列解析は、主にこうした塩基配列とアミノ酸配列を対象にしている。例えば、似た配列を探す（相同性検索）アルゴリズムの開発、遺伝子領域予測や系統解析などが盛んに研究されている。