NCBI blast+ のインストールと設定 (Linux, Mac, Win)

BLAST

blast は相同性(ホモロジー)検索プログラムとして知られている。NCBI のサイト(FTP)からダウンロードすることができる。NCBI の FTP サイトでは blast と blast+ の 2 種類のプログラムがダウンロードできるようになっているが、blast は古いバージョンのプログラムで、現在は速くて正確な blast+ を利用することが推奨されている。

NCBI blast プログラム

blast+ をインストールすると以下のコマンドが使えるようになる。

ProgramFunctions
blastn入力された核酸配列と相同性を持つ核酸配列をデータベースから検索します。
blastp入力されたアミノ酸配列と相同性を持つアミノ酸配列をデータベースから検索します。
blastx入力された核酸配列を6通りのアミノ酸配列に翻訳し、そのアミノ酸配列と相同性を持つものをデータベースから検索します。
tblastn核酸データベースを6通りのアミノ酸配列に翻訳してから、入力されたアミノ酸配列と相同性を持つものを翻訳後の核酸データベースから検索します。
tblastx入力された核酸配列を6通りに翻訳し、また核酸データベースも6通りに翻訳します。それから、翻訳された入力配列と相同性をもつ配列を翻訳された核酸データベースから検索します。
deltablast
psiblastプロファイルを利用したホモロジー検索です。blastpよりも遠縁種の検索が得意です。
rpsblastblast のアルゴリズムを使ったプロファイル検索プログラムです。
rpstblastn
makeblastdbblast 検索用のデータベースを作成します。
blastdbcheck
blastdbcmd
makeprofiledb

blast のインストール

blast+ のソースファイルを NCBI のサイトからダウンロードして、コンパイルしてインストールする。ここでは「/home/username/tools」の下にインストールするものとする。(「username」は PC にログインするときのユーザー名である。また、「tools」ディレクトリがない場合は必要に応じて新規作成する)

次に、ターミナルを立ち上げて、次のコマンドを一つずつ実行する。

# インストール先に移動
cd /home/username/tools

# blast ソースファイルをダウンロード(バージョン番号が変わる場合がありますので、URL先で一度確認を!)
wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.28+-src.tar.gz

# 解凍
tar xzvf ncbi-blast-2.2.28+-src.tar.gz

# ソースファイルのある場所に移動
cd ncbi-blast-2.2.28+-src
cd c++

# コンパイル
./configure
make

これで blast+ のコンパイルが終わり、プログラムは同じディレクトリに生成される。必要ならばパスを通す