BAM ファイルを読み込んだ後に、表示範囲を拡大すると、リードとそのマップされている位置が表示される。所々にハイコントラストとなっている部分があり、これがミスマッチである。

表示範囲をさらに拡大すると、ミスマッチとなる塩基を実際に見ることができる。また、紫色の「I」と表示されている場所は挿入があった場所である。マウスをそこに置くと、挿入された塩基を見ることができる。

塩基の欠損は黒い横線で表示される。

ほとんどのリードがグレーで表示されるが、わずかなリードが白で表示される。白で表示されているリードは、2 箇所以上にマップされるようなリードを表す。