paired-end リードの場合、片方のリードの上で右クリックし、メニューから「Go to mate」をクリックすると、もう片方のリードが表示される。

リードがマークアップされた状態で表示される。

複数のリードをマークアップすることもできる。

選択を解除をする場合は、IGV のリードが表示されている部分をクリックし、「Clear selections」を選べばよい。

高等生物などの場合、ペアとなるリードが離れている場合がある。その場合、「Go to mate」の代わりに「View mate region in split screen」を選べば、画面が 2 つに分割され、左のリードと右のリードが探しやすくなる。画面状に表示されていない場合は、IGV の右側にあるスクロールバーで下までスクロールすれば見つかる。

分割表示を取り消す場合は、遺伝子（染色体）座標を表示する部分を右クリックし、メニューから「Switch to standard view」または「Remove panel」を選べば良い。