ゲノムブラウザー

IGV

2021.04.16

IGV は Integrative Genomics Viewer の略で、超高速シーケンサーから出力されるデータなどの視覚化に用いられるゲノムブラウザである。ユーザーインターフェースがわかりやすく、操作性よい。また、IGV はローカルで動作するバージョンが配布されているため、ファイルサイズの大きいデータもさくさくと開ける。

References

Thorvaldsdóttir H, Robinson JT, Mesirov JP. Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration. Brief Bioinform. 2013, 14(2):178-92. PubMed Abstract
Robinson JT, Thorvaldsdóttir H, Winckler W, Guttman M, Lander ES, Getz G, Mesirov JP. Integrative genomics viewer. Nat Biotechnol. 2011, 29(1):24-6. PubMed Abstract

IGV を開くと、以下のようなウィンドウが開く。左側のフレームにはファイル名などが表示される。また、右側のフレームにはそのファイルの内容が視覚化されて表示される。