市場には数多く種類の高速シーケンサーが出回っている。有名な高速シーケンサーのプラットフォームとして Illumina、IonTorrent、PacBio、Oxford nanopore などがある。プラットフォーム同士が競合する場合もあるが、それぞれにオリジナリティがあり、得意としている分野がことなる。例えば、Illumina は低コストで百から数百のショートリードをたくさん読み取るのを得意である。一方で、PacBio は数キロにも及ぶロングリードを読み取るのを得意としている。これらのプラットフォームは、実験の目的や研究予算に応じて使い分けられる。

2015 年までの各高速シーケンサーが読み取ることのできるリードの長さと、1 回のランで読み取ることのできる量は、次の図のようになっている（flxlexblog）。