実験デザイン、replicate 数、sequencing depth の決め方

RNA-Seq 実験

RNA-Seq 実験にあたって、replicate をいくつにするのか、また 1 サンプルにつき総リード数 (sequencing depth) をどのぐらいにするのかを予め決めておく必要がある。シーケンサーが普及している現在では、コストが低下したのもあり、3 biological replicates にする場合が多い。また、sequencing depth は、実験目的や生物種に応じて、決めていく必要がある。