機械学習や計算科学などの分野で利用される

Python 3.4

Python はテキスト処理、機械学習や計算科学などの分野でよく用いられるプログラミング言語である。科学計算を行う強力なモジュール numpy や scipy などのが存在する。また、Python は文法が簡単で、プログラミング初心者が親しみやすい言語といえる。

Python をバイオインフォマティクスのツールとして利用するには以下のモジュールをインストールしておくと便利である。

pip3 install numpy
pip3 install scipy
pip3 install pandas
pip3 install cairocffi
pip3 install matplotlib
pip3 install pysam
## pip2 install htseq

なお、科学計算、統計やグラフの描き方などのデータ解析関連の使い方は同サイトの biostatistics で取り扱っている。

Python 基本構文

Python モジュール

BioPython

Python サンプルコード