Python のモジュールとして利用する方法

PythonからPyMOLを利用する方法

Python から PyMOL を呼び出して利用するには pymol モジュールを import し、pymol.finish_launching メソッドを実行すればよい。PyMOL が起動してから、pymol.cmd メソッドを利用して PyMOL のコマンドを実行すれば、普通の(GUI 版)の PyMOL と同様に扱うことができる。

以下のスクリプトを init_pymol.py の名前で保存して、Python スクリプトとして実行すれば、PyMOL が起動し 2A0L.pdb ファイルを読み込みその立体構造が表示される。

import pymol


## PDB ファイルの位置
pdb_file = './2A0L.pdb'


## PyMOL 起動
pymol.finish_launching()
pymol.cmd.load(pdb_file)

## その他の処理
# pymol.cmd.do("select A, chain A")
# pytmol.cmd.do("color red, A")

上のスクリプトを実行すると、様々な処理を行った後に PyMOL は起動されたままになる。PyMOL を終了させるには手動で終了させなければならない。自動終了させるためには、pymol.cmd.quit メソッドを利用する。

import pymol
import time


## PDB ファイルの位置
pdb_file = './2A0L.pdb'


## PyMOL 起動
pymol.finish_launching()
pymol.cmd.load(pdb_file)

## その他の処理
# pymol.cmd.do('select A, chain A')
# pymol.cmd.do('color red, A')

## プログラムを 10 秒間中止させる
time.sleep(10)


## PyMOL 終了
pymol.cmd.quit()

PyMOL へのコマンドは基本的に pymol.cmd のメソッドを通して行う。コマンドの実行方法は 2 種類あり、1 つは Python 用に用意された API を使う方法であり、もう 1 つは PyMOL のコマンドをそのまま実行する方法がある。前者は pymol.cmd.selectpymol.cmd.color などのように利用し、後者は pymol.cmd.do('select ')pymol.cmd.do('color ') などのように利用する。