PyMOL で画像を作成する | Python から PyMOL を呼び出してタンパク質の立体構造を画像として保存する方法

Python から PyMOL を呼び出して、PDB からタンパク質の立体構造をダウンロードして、その立体構造を PNG 画像にする一連作業を行うことができる。PyMOL への一連のコマンドは、文字列として pymol.cmd.do メソッドに与えて実行させる。

import pymol

# launch PyMOL
pymol.finish_launching()

# raytrace frames before saving images
pymol.cmd.do('set ray_trace_frames, 1')

# download protein 2a0l from PDB
pymol.cmd.do('fetch 2a0l')
pymol.cmd.do('load 2a01.cif')

# modify 3D structure
pymol.cmd.do('hide lines, all')
pymol.cmd.do('show cartoon, all')
pymol.cmd.do('color red, ss h')
pymol.cmd.do('color yellow, ss s')
pymol.cmd.do('color green, ss l+" "')

# create PNG image
pymol.cmd.do('png 2a0l.png, 10cm, dpi=300')

# quit PyMOL
pymol.cmd.refresh()
pymol.cmd.quit()