PyMOL は現在 Schrödinger によってメンテナンスされ、ソースコードが GitHub で公開されている。Schrödinger (pymol.org) のページでは PyMOL のインストールパッケージが配布されているが、これがサポート付きの有料版の PyMOL となっている。フリーの PyMOL を利用したい場合は、GitHub からソースコードをダウンロードし、ローカルでコンパイルしてインストールする必要がある。

Ubuntu へのインストール

ルート権限を持つ場合、apt-get コマンドを使うことでインストールできる。

sudo apt-get install pymol

ルート権限を持たない一般ユーザーとしてインストールする場合、依存ライブラリーや依存 Python パッケージなどをインストールしてから、PyMOL をソースコードからインストールする。ただし、依存ライブラリーは管理者にインストールしてもらう必要がある。

git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source.git
cd pymol-open-source
python setup.py build --osx-frameworks
python setup.py install --prefix=~/local

MacOS へのインストール

Python のバージョンに関してとくに使い分けていなければ、PyMOL は brew コマンドで簡単にインストールできる。

brew install brewsci/bio/pymol

開発項目に応じて Python のバージョンを使い分けている場合は、GitHub からソースコードをダウンロードして、インストールする。この場合、いくつかの依存ライブラリーを brew でインストールしておく必要がある。また、Python ライブラリーも pip などでインストールしておく必要がある。

brew install glew freeglut libpng freetype libxml2 glm msgpack

pyenv local pymol-env
pip install sip pyqt5 pmw msgpack-python msgpack-tool mmtf-python

git clone https://github.com/schrodinger/pymol-open-source.git
cd pymol-open-source
python setup.py build --osx-frameworks
python setup.py install --prefix=~/local

コンパイル中にエラーがライブラリー依存のエラーが生じる場合、LDFLAGS や CPPFLAGS などの環境変数に依存ライブラリーへのパスを追加すると解決できる。