pymol ライブラリーのインポート

PyMOL は Python で書かれているプログラムである。そのため、PyMOL は、単体のソフトウェアとして使われるほか、Python から呼び出してライブラリーの一部として使う方法もできる。Python から PyMOL を呼び出すには pymol ライブラリーをインポートすればよい。

import pymol

PyMOL をインストールするときに、インストール先をデフォルト値から他のパスに変更した場合、そこへのパスを Python のインポートパスに追加する必要がある。例えば、PyMOL をインストールするときに --prefix=~/local を指定していたならば、Python プログラムでは次のようにして pymol をインポートすることができる。

import sys
sys.path.append('~/local/lib/python3.7/site-packages')
import pymol

pymol ライブラリーの使い方

Python から PyMOL を利用するとき、pymol インポートし、pymol.finish_launching メソッドを実行したあとに、PyMOL に対して様々なコマンドを発行できるようになる。PyMOL のコマンドは、文字列として pymol.cmd.do メソッドに渡すことで、実行される。また、PyMOL を利用した処理が終了したら、pymol.cmd.quit メソッドを実行して PyMOL を終了させることができる。

import pymol

pdb_file = './2a0l.cif'

pymol.finish_launching()
pymol.cmd.load(pdb_file)

pymol.cmd.do("select A, chain A")
pytmol.cmd.do("color red, A")

pymol.cmd.quit()

PyMOL に対する操作は、上述のようにコマンドを文字列として pymold.cmd.do メソッドに与えることで行えるほか、パッケージで用意されている API を使うこともできる。PyMOL で利用できるコマンドは、pymol.org の PyMOL Command Reference で調べることができる。また、API として利用する場合は pymol.org の api [PyMOL Documentation] で調べることができる。