PyMOL はタンパク質などの高分子立体構造データを読み込んで、それをグラフィックスで表示するツールのである。Python で書かれ、Python スクリプトから直接呼び出して利用することができ、非常に便利である。また、PyMOL のソースコードはオープンソースとして公開されて、Linux と Mac であれば簡単にインストールすることができる。

PyMOL は以下のように 2 つのウィンドウに分かれている。上側のウィンドウは PyMOL の各種機能を実行するためのメニューが用意されている。また、コマンドの実行結果やマウス操作の結果などがログとして記述される。下側のウィンドウは実際のタンパク質の立体構造のグラフィックスが表示される。マウスで拡大したり、回転させたり、色を塗り分けたりすることができる。