膜タンパク質の膜貫通領域を図示する際に、利用できるプログラムは Protter、TOPO2、textopo などがある。

Protter

UniProt に登録されているタンパク質ならば、Protter (Omasits et al., 2014) を利用して膜貫通領域をプロットするのが便利。UniProt ID を入力するだけで、プロットできる。

ここで G タンパク質の 1 つである Q99527 (GPER1_HUMAN) を利用して、膜貫通領域をプロットしてみる。

結果は次のように表示される。G タンパク質の 7 個の膜貫通領域が描かれるとともに、翻訳後修飾（PTMs）を受けたタンパク質やシグナル配列などもマークアップされる。

TOPO2

TOPO2 (Johns S.J.) は、配列と膜貫通領域の情報を与えてからプロットするグラフである。プロットされるグラフは、見た目的に Protter に比べてきれいとは言えない。

配列と膜貫通領域の情報を入力して、プロットを行う。ここで G タンパク質の 1 つである Q99527 (GPER1_HUMAN) の配列を利用する。

プロットの結果は次のように表示される。