Jmol は PDB などのファイルを読み込んで、ファイルに記載された各原子の座標をもとに、タンパク質の立体図を表示するツールである。特定のアミノ酸残基をピックアップしたり、リガンドの位置を確認したりすることができる。操作は Jmol ウィンドウのツールバーを利用することで、ほとんどマウスだけで済ませる。
![jmolの操作画面](/media/jmol.png)
ツールバーを利用したマウス操作のほかに、Jmol はスクリプトでも操作できる。Jmol の操作でよく利用されるスクリプトは、次のようなものがある。
Jmolのコマンド
選択範囲
特定の原子、残基、あるいは二次構造などを指定して選択することができる。select
あるいは restrict
を利用する。select
を利用する場合は、選択した以外の原子も画面に表示されるが、restrict
の場合は選択した範囲以外の部分は非表示にされる。以下の select
を restrict
に変えても動く。
select 2,4,6 # 残基番号が2,4,6のアミノ酸を選択
select 1-100 # 残基番号が1から100までのアミノ酸を選択
select MET # メチオニンを選択
select [PO4] # リン酸を選択
select ATP # ATP分子を選択
select *:A # A鎖のすべての原子を選択
select MET:A # A鎖のメチオニンを選択
select MET:A or PHE:A # A鎖のメチオニンまたはフェノールを選択
select GLY:A and helix # A鎖ヘリックスに含まれるグリシンを選択
select !MET
select within(10.0, [PO4]) # リン酸から10Å以内の原子を選択
select helix # ヘリックス構造
select turn # ターン構造
select sheet # シート構造
select amino # アミノ酸
select acyclic # 環を持たない分子
select cyclic # 環を持つ分子
select aliphatic # 脂肪族 AGILV
select aromatic # 芳香族 HFWY
select charged # 荷電 RDEHK
select neutral # 非荷電 RDEHK以外
select hydrophobic # AGILMFPWYV
select backbone # 主鎖の原子
select alpha # Cアルファ原子
select nucleic # 核酸分子
select at # A または T
select cg # C または G
select purine # プリン塩基(A または G)
select pyrimidine # ピリミジン塩基(C または T)
表示形式
backbone
、wireframe
、cartoon
、ribbons
、cpk
および spacefill
の 6 種類の表示形式を指定できる。
ribbons on
wireframe off
backbone | wireframe | cartoon |
![]() | ![]() | ![]() |
ribbons | cpk | spacefill |
![]() | ![]() | ![]() |
表示色
色を表示を変更したりする場合は colour
コマンドを利用する。
colour cpk # 原子別に色をつける
colour amino # アミノ酸別に色をつける
colour chain # チェーン別に色をつける
colour structure # 二次構造で色分けする
colour temperature # 温度因子別に色をつける
colour charge # 荷電度別に色をつける
colour red # 選択した部分を赤くする
background white # 背景を白くする
その他のコマンド
分子の断面図を表示させたい場合は slab
コマンドを利用する。
cpk on # 表示形式を CPK に切り替える
slab on # 断面図
slab 20 # Z=20 オングストロームに設定
slab off
slab 20 | slab 60 |
![]() |
![]() |
ステレオ立体視できるように表示することもできる。
ribbons on
stereo on
stereo off
![ステレオ立体視表示](/media/jmol-stereo.png)
label
コマンドを利用して、原子の名前や残基の名前などを表示させることができる。
# Aチェーン最初の10残基のアミノ酸名を表示
select 1-10:A
label %n
label off
label on # (選択された)すべての原子と残基の名前を表示
label %c # (選択された)チェーンの名前を表示
label %e # (選択された)原子の名前を表示
label %i # (選択された)原子の番号を表示
label %n # (選択された)残基の名前を表示
label %r # (選択された)残基の番号を表示