NACCESS は溶媒接触表面積（ASA）を計算するプログラムである。現在ではなかなか入手しづらい。バイオインフォマティクス系の研究室の計算機に置かれたりする。
NACCESS 利用方法
実際の使用方法では、プログラムに PDB ファイルを入力して、計算を行う。例えば、次は 1ALK で登録されているタンパク質に対して、溶媒接触表面積を計算している。
naccess 1ALK.pdb
## naccess: using defualt vdw.radii
## naccess: using default STD FILE計算が終了すると、「1ALK.log」、「1ALK.asa」、「1ALK.rsa」のファイルが作成される。
NACCESS 出力ファイル
.asa
フォーマットは PDB ファイルに似ている。1 - 54 文字目までは PDB フォーマットと同じ内容になっている。55 - 60 文字目はその原子の溶媒接触表面積が記載されている。また、61 - 66 文字目には van der Walls 半径が記載されている。
ATOM 1 N THR A 1 67.510 52.432 1.100 27.149 1.65 ATOM 2 CA THR A 1 66.663 52.938 2.184 11.231 1.87 ATOM 3 C THR A 1 66.660 51.955 3.361 1.226 1.76 ATOM 4 O THR A 1 65.713 51.931 4.167 14.236 1.40 ATOM 5 CB THR A 1 65.183 53.192 1.684 13.646 1.87 ATOM 6 OG1 THR A 1 64.737 51.920 1.096 31.829 1.40 ATOM 7 CG2 THR A 1 65.042 54.354 0.698 70.176 1.87 ATOM 8 N PRO A 2 67.726 51.174 3.426 0.493 1.65
.rsa
ALA-X-ALA を基準にした時の相対表面積（？）を表している。
REM File of summed (Sum) and % (per.) accessibilities for REM RES _ NUM All-atoms Total-Side Main-Chain Non-polar All polar REM ABS REL ABS REL ABS REL ABS REL ABS REL RES THR A 1 169.49 121.7 126.88 124.8 42.61 113.4 96.28 127.2 73.21 115.2 RES PRO A 2 119.97 88.1 114.33 95.4 5.64 34.8 117.33 97.0 2.64 17.4 RES GLU A 3 137.76 80.0 120.25 89.2 17.51 46.7 63.49 105.3 74.27 66.3 RES MET A 4 17.91 9.2 14.32 9.1 3.59 9.6 14.70 9.3 3.22 8.9 RES PRO A 5 49.66 36.5 49.66 41.4 0.00 0.0 49.66 41.1 0.00 0.0 RES VAL A 6 16.32 10.8 8.21 7.2 8.11 21.8 8.21 7.1 8.11 22.6 RES LEU A 7 20.69 11.6 18.60 13.2 2.08 5.6 18.60 13.1 2.08 5.7 RES GLU A 8 142.26 82.6 124.84 92.7 17.43 46.5 60.84 100.9 81.42 72.7 RES ASN A 9 86.04 59.8 68.27 64.3 17.77 47.1 28.76 62.2 57.27 58.6 RES ARG A 10 12.14 5.1 12.14 6.0 0.00 0.0 3.09 4.0 9.05 5.6 RES ALA A 11 23.75 22.0 23.75 34.2 0.00 0.0 23.75 33.3 0.00 0.0 RES ALA A 12 21.17 19.6 5.76 8.3 15.41 40.0 5.76 8.1 15.41 42.1 RES GLN A 13 81.54 45.7 50.37 35.7 31.17 83.1 21.43 41.0 60.11 47.6 RES GLY A 14 48.29 60.3 27.77 85.9 20.53 43.0 32.44 86.4 15.85 37.2 RES ASN A 15 87.70 60.9 81.71 76.9 5.99 15.9 32.91 71.2 54.79 56.1 RES ILE A 16 30.77 17.6 28.90 20.9 1.87 5.0 28.90 20.8 1.87 5.2
.log
ログファイル。計算時に利用したパラメーターなどが記載されている。
ACCALL - Accessibility calculations MAX RESIDUES 5000 MAX ATOMS/RES 100 PDB FILE INPUT 1ALK.pdb PROBE SIZE 1.40 Z-SLICE WIDTH 0.050 VDW RADII FILE /tools/naccess/naccess2.1.1/vdw.radii EXCL HETATOMS EXCL HYDROGENS EXCL WATERS READVDW 32 residues input ADDED VDW RADII CHAINS 2 RESIDUES 898 ATOMS 6608 SOLVA: PROGRAM ENDS CORRECTLY CALCULATED ATOMIC ACCESSIBILITES RELATIVE (STANDARD) ACCESSIBILITIES READFOR 20 AMINO ACIDS SUMMED ACCESSIBILITIES OVER RESIDUES