プログラムとしての DSSP は、立体構造が記載されている PDB ファイルに基づいて、その二次構造を出力するプログラムを指す。（一方で、二次構造データベースを指すこともある）

DSSP のインストール

DSSP のダウンロードサイトにはすでにコンパイル済みのファイルが置かれているため、それをダウンロードすればすぐに利用でる。

# ダウンロード
wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/dssp-2.0.4-linux-amd64

# 名前が長いので、短くする
mv dssp-2.0.4-linux-amd64 dssp

# 実行権限を与える
chmod +x dssp

dssp ファイルのある場所にパスを通すか、DSSP を実行するときに直接パスを指定する。

dssp 1ALK.pdb

DSSP 使い方

DSSP の使い方は簡単で、dssp コマンドの後に PDB ファイルを与えて実行する。

dssp 1ALK.pdb 1ALK.dssp

実行されると、1ALK.dssp に結果が出力される。

==== Secondary Structure Definition by the program DSSP, CMBI version by M.L. Hekkelman/2010-10-21 ==== DATE=2013-05-25        .
REFERENCE W. KABSCH AND C.SANDER, BIOPOLYMERS 22 (1983) 2577-2637                                                              .
HEADER    ALKALINE PHOSPHATASE                    03-MAR-93   1ALK                                                             .
COMPND   2 MOLECULE: ALKALINE PHOSPHATASE;                                                                                     .
SOURCE   2 ORGANISM_SCIENTIFIC: ESCHERICHIA COLI;                                                                              .
AUTHOR    E.E.KIM,W.WYCKOFF                                                                                                    .
  898  2  4  4  0 TOTAL NUMBER OF RESIDUES, NUMBER OF CHAINS, NUMBER OF SS-BRIDGES(TOTAL,INTRACHAIN,INTERCHAIN)                .
 28030.2   ACCESSIBLE SURFACE OF PROTEIN (ANGSTROM**2)                                                                         .
  592 65.9   TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(J)  , SAME NUMBER PER 100 RESIDUES                              .
   96 10.7   TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS IN     PARALLEL BRIDGES, SAME NUMBER PER 100 RESIDUES                              .
   80  8.9   TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS IN ANTIPARALLEL BRIDGES, SAME NUMBER PER 100 RESIDUES                              .
    4  0.4   TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(I-5), SAME NUMBER PER 100 RESIDUES                              .
    4  0.4   TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(I-4), SAME NUMBER PER 100 RESIDUES                              .
    2  0.2   TOTAL NUMBER OF HYDROGEN BONDS OF TYPE O(I)-->H-N(I-3), SAME NUMBER PER 100 RESIDUES                              .                            .
  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30     *** HISTOGRAMS OF ***           .
  0  0  0  4  2  1  8  3  0  3  1  3  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  2  0  0  0  0  0    RESIDUES PER ALPHA HELIX         .
  5  0  2  6  0  6  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    PARALLEL BRIDGES PER LADDER      .
 10  6  4  0  2  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    ANTIPARALLEL BRIDGES PER LADDER  .
  3  1  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0    LADDERS PER SHEET                .
  #  RESIDUE AA STRUCTURE BP1 BP2  ACC     N-H-->O    O-->H-N    N-H-->O    O-->H-N    TCO  KAPPA ALPHA  PHI   PSI    X-CA   Y-CA   Z-CA 
    1    1 A T              0   0  174      0, 0.0     0, 0.0     0, 0.0     0, 0.0   0.000 360.0 360.0 360.0  24.4   66.7   52.9    2.2
    2    2 A P        +     0   0  112      0, 0.0     2,-0.2     0, 0.0    33,-0.0   0.216 360.0 149.0 -52.8-177.8   67.9   50.2    4.5
    3    3 A E        -     0   0  152     32,-0.2   354,-0.1     2,-0.0   355,-0.1  -0.350  49.6 -99.8 145.3 140.5   67.8   50.2    8.3
    4    4 A M        -     0   0   17     -2,-0.2    32,-0.1   353,-0.1     2,-0.1  -0.678  39.9-134.6 -81.2 122.5   67.5   47.3   10.8
    5    5 A P        -     0   0   49      0, 0.0     2,-0.3     0, 0.0    -1,-0.1  -0.430   7.6-146.8 -78.7 150.3   63.9   47.0   12.2

特に、「 # RESIDUE ...」から始まる行は、二次構造などの情報が入っている。

  #  RESIDUE AA STRUCTURE BP1 BP2  ACC     N-H-->O    O-->H-N    N-H-->O    O-->H-N    TCO  KAPPA ALPHA  PHI   PSI    X-CA   Y-CA   Z-CA 
    1    1 A T              0   0  174      0, 0.0     0, 0.0     0, 0.0     0, 0.0   0.000 360.0 360.0 360.0  24.4   66.7   52.9    2.2
    2    2 A P        +     0   0  112      0, 0.0     2,-0.2     0, 0.0    33,-0.0   0.216 360.0 149.0 -52.8-177.8   67.9   50.2    4.5
    3    3 A E        -     0   0  152     32,-0.2   354,-0.1     2,-0.0   355,-0.1  -0.350  49.6 -99.8 145.3 140.5   67.8   50.2    8.3
    4    4 A M        -     0   0   17     -2,-0.2    32,-0.1   353,-0.1     2,-0.1  -0.678  39.9-134.6 -81.2 122.5   67.5   47.3   10.8
    5    5 A P        -     0   0   49      0, 0.0     2,-0.3     0, 0.0    -1,-0.1  -0.430   7.6-146.8 -78.7 150.3   63.9   47.0   12.2

各カラムが次のような意味を持つ。