MODELLER によるホモロジーモデリングは、Python によって制御されている。例えば、以下のように、Python スクリプトに、MODELLER にアラインメントファイルの位置（alnfile）、テンプレート配列の名前（knowns）や予測対象の名前（sequence）などの情報を書き加えて、最後に make メソッドでモデリングを行う。

from modeller import *
from modeller.automodel import *

log.verbose()
env = environ()

env.io.atom_files_directory = ['.', './my_pdb']

a = automodel(env,
              alnfile  = 'alignment.ali',
              knowns   = '5fd1',
              sequence = '1fdx')
a.starting_model= 1
a.ending_model  = 1

a.make()