MODELLER を利用したホモロジーモデリングは、予測対象（ターゲット）配列とテンプレート配列のアライメントを必要とする。アライメントは PIR 形式で保存する必要がある。各配列に関して、1 行目にタンパク質の ID を記入し、2 行目に注釈情報を記入し、3 行目以降に配列情報を記入する。配列の終わりに * をつける。例えば、予測対象配列（TARGET）とテンプレート配列（5FD1）のアライメントは記述する。
>P1;TARGET sequence:TARGET:1 : :54 : :ferredoxin:Peptococcus aerogenes: 2.00:-1.00 AYVINDSC--IACGACKPECPVNIIQGS--IYAIDADSCIDCGSCASVCPVGAPNPED------------------- -----------------------------* >P1;5FD1 structureX:5FD1:1 :A:106 :A:ferredoxin:Azotobacter vinelandii: 1.90: 0.19 AFVVTDNCIKCKYTDCVEVCPVDCFYEGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEV WPNITEKKDPLPDAEDWDGVKGKLQHLER*
2 行目の注釈の記載について
2 行目には MODELLER に入力するオプションを記載する。オプションは 10 個ある。上の例のように、半角のコロン : を利用して 10 個のオプションを区切る。
| フィールド位置 | 説明 |
| 1 | アミノ酸配列のタイプ。 structureX: X線; structureN: NMR; structure: モデル; sequence: 配列 ターゲット配列は立体構造が不明なので sequence を書く。また、テンプレート配列の立体構造が仮に X 線結晶解析によって求められた場合は、 structureX などと書く。 |
| 2 | 配列の PDB ID。なければ、適当な ID をつける。 |
| 3 | アライメントの最初のアミノ酸の番号を書く。この番号はアライメントの順番ではなく、PDB ファイルの ATOM 行に書かれているアミノ酸番号を利用する。ターゲット配列の場合は、PDB ファイルがないため 1 から始まることになる。 |
| 4 | アライメント中の配列の、3 で入力したアミノ酸が属するチェーン名を記入する |
| 5 | アライメントの最後のアミノ酸の番号を書く。この番号はアライメントの順番ではなく、PDB ファイルの ATOM 行に書かれているアミノ酸番号を利用する。ターゲット配列の場合は、PDB ファイルがないため最後のアミン酸の番号を書く。 |
| 6 | 5 で入力したアミノ酸が属するチェーン名を記入する。 |
| 7 | タンパク質の名前。省略可。 |
| 8 | タンパク質の由来生物名など。省略可。 |
| 9 | 結晶構造解析。省略可。 |
| 10 | 結晶構造解析に使用した R 因子。省略可。 |
オプションを省略しても、区切り文字のコロンを省略しない。例えば、フィールド 7-10 を省略した場合は以下のようにする。わかりやすいようにスペースを入れたりすることも可能である。
structureX:5FD1:1:A:106:A:::: structureX:1ALK:1:A:106:A: : : :
マルチプルアライメント
MODELLER を利用して 1 つのターゲットを複数のテンプレートで予測することも可能である。この際、マルチプルアライメントを PIR 形式で保存する。
>P1;5FD1 structureX:5FD1:1 :A:106 :A:ferredoxin:Azotobacter vinelandii: 1.90: 0.19 AFVVTDNCIKCKYTDCVEVCPVDCFYEGPNFLVIHPDECIDCALCEPECPAQAIFSEDEVPEDMQEFIQLNAELAEV WPNITEKKDPLPDAEDWDGVKGKLQHLER* >P1;4FD0 structureX:4FD0:2 :B:108 :B: : : : AFVVT---IKCKYTDCVEVCPVDCFYEGPNFLVIHPDECI----------AQAIFSEDEVPEDMQEFIQLN-----V WPNITEKKDPLPDAEDWDGVKGKLQHLER* >P1;1FDX sequence:1FDX:1 : :54 : :ferredoxin:Peptococcus aerogenes: 2.00:-1.00 AYVINDSC--IACGACKPECPVNIIQGS--IYAIDADSCIDCGSCASVCPVGAPNPED------------------- -----------------------------*