MEDELLER（Kelm et al., 2010）は膜タンパク質に特化したホモロジーモデリングプログラムである。内部的に iMembrane (Kelm et al., 2009) と MODELLER を組合せて、膜タンパク質の構造を予測する。

使い方としては、MEDELLER のサイトにアクセスし、予め作成したアラインメントを貼り付ければよい。

アラインメントは、予測ターゲットの名前を target、テンプレートの名前を template とする必要がある。例えば、予測ターゲットとテンプレート（1GZM の A 鎖）を以下のようにアラインメントできたとする。これを MEDELLER の入力フォーム（Input Target-Template Alignment）に貼り付ける。

>target
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNY
ILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRF
GENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFC
YGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAK
TSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNPLGDDEASTTVSKTETSQVAPA
>template
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNY
ILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRF
GENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFC
YGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAK
TSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNDD--------------------

次に、テンプレートの PDB コードをフォーム（Input Template Structure）に入力する。

最後に、「Submit Query」ボタンをクリックすれば MEDELLER による予測が開始される。

予測が完了すると、結果ページに遷移される。予測結果として、赤色が膜貫通領域を表し、青が膜と関わりを持たない領域である。