ローカルで利用する場合

LOMETS は I-TASSER Suit にパッケージングされている。I-TASSER Suit をインストールすれば、runLOMETS.pl スクリプトを実行すればよい。

例として、以下の配列の立体構造をモデリングしてみる。

>T0800
MNIKKLFSIFTLVILVFATACTNKSEKATVSDTNEKPKEEIKIVEPNGAEKTKLNLNFGVGKLNISGN
EEKLMKGKFIYSENEWKPEIKYEVKDKDGELEISQPGLKSGNVSLNNKRNEWNINLNEKIPTEIKLSL
GTGEFKADLSKINLKELNVGMGVGKVDLDISGNYKNNVKVNIEGGVGEATVYLPKSIGVKIKAEKGVG
AVNANGFIVEGENIYKNSQYGKSKNSIEVNIEAGVGAINIKQK

この配列を seq.fasta の名前で保存する。次に、この seq.fasta ファイルを targets ディレクトリに保存して準備完了。最後に I-TASSER Suit 中の runLOMETS.pl を実行すればよい。モデリングに要する時間は非常に長いため、ここでは nohup を用いて実行例を示した。

nohup runLOMETS.pl -pkgdir /tools/I-TASSER4.1 \
                   -libdir /tools/I-TASSER4.1/lib \
                   -seqname T0800 \
                   -datadir ./lomets \
                   -java_home /usr &

オプションとして、-pkgdir は I-TASSER Suit のインストールディレクトリ、-libdir は I-TASSER Suit 用のライブラリーを指定する。-seqname には予測する配列の名前、-datadir には seq.fasta が保存されているディレクトリを指定する。最後に -java_home には JAVA_HOME のパスを指定する。Linux であればほとんどの場合 /usr となる。

ウェブサイトで利用する場合

Zhang lab のウェブページにいけば、ウェブベースの LOMETS を利用することができる。ページ中のフォームに予測したい配列を入力し、E-Mail アドレスおよびタスク ID を入力し、「Run LOMETS」ボタンをクリックすればよい。実行結果はメールで知らせてくれる。

メールで送られるリンクをクリックすれば以下の様なページが表示される。それぞれのモデルをクリックすれば、PDB ファイルをダウンロードできる。