タンパク質二次構造予測ツール

Jpred

Jpred (Cole et al., 2008) はアミノ酸から二次構造を予測するプログラムである。Jpred のウェブサイトにアクセスし、アミノ酸配列を所定のフォームに貼り付けるだけで、簡単に二次構造予測を行える。Jpred3 のウェブサイトにアクセスし、アミノ酸配列をページの中央にあるフォームに張り付けて、「Make Prediction」ボタンをクリックする。

すると、入力したアミノ酸配列と似ている二次構造既知のタンパク質がリストアップされる。予測を続けるのであれば「continue」ボタンをクリックする。

二次構造の予測が開始される。結果表示するまでには 1 時間前後かかる場合もある。結果が表示されるまで、次のような待機画面が表示される。

二次構造予測が終了すると結果画面が表示される。

例えば、結果画面の「View Simple」をクリックすると、予測された二次構造が次のように確認できる。

また、「see data」リンクをクリックすると、より詳しい予測結果を確認することができる。

References

  • Cole C, Barber JD, Barton GJ. The Jpred 3 secondary structure prediction server. Nucleic Acids Res. 2008, 36(Web Server issue):W197-201. DOI: 10.1093/nar/gkn238 PMID: 18463136