同じ祖先遺伝子に由来するタンパク質の一群を相同タンパク質という。一般に相同タンパク質同士ではアミノ酸配列が似ている。

Dayhoff はアミノ酸配列の類似度が 50% 以上のタンパク質をファミリーとして定義している。また、配列の類似度が 50% 未満の場合でも機能的あるい構造的に類似性が見られるならば、これらのタンパク質をスーパーファミリーとして分類している。しかし、現在ではファミリーとスーパーファミリーの定義は曖昧で、こういったデータを利用するときに、定義する確認する必要がある。