バイオインフォマティクスに特化した Perl のパッケージ

BioPerl

Perl はテキスト処理等を得意とするプログラミング言語であり、GenBank ファイルや BLAST の検索結果からデータを取得したりする際によく利用される。このような機能をゼロからプログラミングすることも可能であるが、正確性や速度を求めるなら BioPerl を利用したい。

BioPerl インストール

個人のパソコンで、ルート権限があれば、基本的に BioPerl のソースコードをダウンロードし、ビルドしてからルート権限でインストールする。インストール中にいくつかのことが聞かれるので、基本的に Enter を押してインストールを続ければよい。

git clone https://github.com/bioperl/bioperl-live.git
cd bioperl-live

perl Build.PL

sudo ./Build install

共有サーバーなどに BioPerl をインストールしようとすると、ほとんどの場合、ルート権限がなくて sudo ./Build install が実行できない。この場合、個人のディレクトリに BioPerl をインストールするように指定する。次の例では、ユーザーのホームティレクトリの下に bioperl ディレクトリを作成し、そこに BioPerl をインストールする方法である。

mkdir ~/bioperl

git clone https://github.com/bioperl/bioperl-live.git
cd bioperl-live

perl Build.PL --install_base /home/username/bioperl
./Build install

このように ~/bioperl にインストールした Perl のパッケージは、Perl のパッケージ検索パスに反映されないので、BioPerl を利用する前に次のようにして、一度、パスを通す必要がある。

export PERL5LIB=/home/username/bioperl