Homebrew は Mac のパッケージ管理ソフトウェアの一つである。Homebrew を利用してパッケージをインストールすれば、煩わしいパッケージの依存関係などをすべて自動的に解決してくれる。使い方は簡単で、比較的によく使われている。

Homebrew のインストール

Homebrew をインストールするには、端末（ターミナル）ウィンドウを立ち上げて、以下の 1 行を実行すればよい。

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install.sh)"

Homebrew の使い方

パッケージのインストール

Homebrew でパッケージをインストールするには、brew コマンドに install オプションを付けて実行する。例えば、wget、gfortran や vim などをインストールする場合は次のようにする。

brew install wget
brew install gfortran
brew install vim
brew install autoconf
brew install automake
brew install libevent
brew install xlf

デフォルトの状態で brew コマンドはあらゆるパッケージをインストールできるわけではない。一部、brew パッケージリストに載っていないパッケージ（ソフトウェア）の場合はインストールできない。そのようなパッケージをインストールする場合は、そのパッケージをパッケージリストに加える必要がある。例えばバイオインフォマティクスでよく利用する blast や tophat などのパッケージをインストールしたい場合、あらかじめ brewsci/bio パッケージリストを追加する必要がある。

brew tap brewsci/bio

パッケージリストの追加を行えば、あとは普通にインストールできるようになる。

brew install blast
brew install blat
brew install clustal-omega
brew install bedtools 
brew install samtools
brew install bamtools
brew install vcftools
brew install bowtie
brew install bowtie2
brew install tophat
brew install bwa
brew install cufflinks
brew install velvet
brew install abyss
brew install emboss

パッケージのアンインストール

パッケージのアンインストールは uninstall オプションを利用する。

brew uninstall blast

パッケージのアップデート

upgrade オプションを利用することで、パッケージのアップデートを行うことができる。例えば blast をアップデートする場合は次のようにする。

brew update
brew upgrade blast

これに対して、すべてのパッケージをアップデートしたい場合は、パッケージ名を指定しなければよい。

brew update
brew upgrade