ファイルの内容を表示するコマンドは cat、head や tail などのコマンドがある。cat はファイルの内容をすべて表示させる場合に利用する。また、head はファイルの先頭の数行だけを表示させたい場合に利用し、tail はファイルの終わりにある数行だけを表示させたい場合に利用する。

cat

sample.fa ファイル中の中身をすべて標準出力に出力させたい場合は、cat を利用する。

cat sample.fa
## >seq1
## cgatgtgcatgtcaatagctagctagttagcta
## acgtagctagctagctagctatgctag
## 
## >seq2
## gtggtttagcagcatcgtagcta
## >seq3
## gtgtattaacactacatcactactagctagctagct

ファイル中の中身を出力する際に、各行の先頭に行の番号を加えたい場合は -b あるいは -n オプションを付ける。

cat -b sample.fa
##      1  >seq1
##      2  cgatgtgcatgtcaatagctagctagttagcta
##      3  acgtagctagctagctagctatgctag
##
##      4  >seq2
##      5  gtggtttagcagcatcgtagcta
##      6  >seq3
##      7  gtgtattaacactacatcactactagctagctagct

cat -n sample.fa
##      1  >seq1
##      2  cgatgtgcatgtcaatagctagctagttagcta
##      3  acgtagctagctagctagctatgctag
##      4
##      5  >seq2
##      6  gtggtttagcagcatcgtagcta
##      7  >seq3
##      8  gtgtattaacactacatcactactagctagctagct

head

ファイルの先頭から数行だけ表示させたい場合は head を利用する。例えば、最初の 5 行だけを見たい場合は -n5 オプションを付けて head コマンドを実行すればよい。

head -n5 sample.fa
## >seq1
## cgatgtgcatgtcaatagctagctagttagcta
## acgtagctagctagctagctatgctag
## 
## >seq2

cat コマンドと一緒に使うこともできる。

cat sample.fa | head -n5
## >seq1
## cgatgtgcatgtcaatagctagctagttagcta
## acgtagctagctagctagctatgctag
## 
## >seq2

tail

ファイルの最後の行から数行だけ表示させたい場合は tail を利用する。例えば、最後の 5 行だけを見たい場合は -n5 オプションを付けて tail コマンドを実行すればよい。

tail -n5 sample.fa
## 
## >seq2
## gtggtttagcagcatcgtagcta
## >seq3
## gtgtattaacactacatcactactagctagctagct

cat コマンドと一緒に使うこともできる。

cat sample.fa | tail -n5
## 
## >seq2
## gtggtttagcagcatcgtagcta
## >seq3
## gtgtattaacactacatcactactagctagctagct

wc

ファイルの中身を見ないで、ファイルの行数や文字数を調べるには wc コマンドを利用すると便利である。

wc sample.fa
##      15      15     161 test.txt

この例であれば、smaple.fa ファイル中には 15 行、15 ワード、161 文字が含まれている。文字数には改行コードも 1 文字としてカウントされている。