Linux のディレクトリ構造や Linux でよく使われるコマンド
Linux
バイオインフォマティクスの分野において、日々、様々なソフトウェアが開発されて、リリースされています。これらのソフトウェアのほとんどは、CUI いわゆるキーボートでコマンド（命令）を入力して実行するものである。そのため、バイオインフォマティクスの分野では、CUI 操作に優れている Linux や Macintosh がよく使われている。小規模な解析ならば、Microsoft Office も使える Macintosh を使うことが多い。しかし、大量なデータを数日におよぶ処理を行う場合は、Linux がよく使われる。
Linux は基本的に CUI ベースでソフトウェアにインストールしたり、データを解析したりする。最近の Linux ではマウスによる操作も便利になってきているが、より効率よくデータ解析を進めていくには、Linux のディレクトリ構造や Linux 用の便利な汎用ソフトウェアを知ったり、コマンド操作を身に付けたりする必要がある。このページでは、Linux を利用する上で、Linux の一般的な知識やよく使われているコマンドについて紹介する。
Linux 一般
ディレクトリ構造
/usr 、/local 、/bin 、/home など、 Linux 上でよく見かけるディレクトリと名前とその意味。
パス
独自で作成したあるいは独自でインストールしたプログラムが実行できるようにパスを通す方法。
インストール
apt-get や aptitude を利用したソフトウェアのインストールやアップデートなどの管理方法。
スクリプト言語
bash
同じ操作を複数回に行なったり、ソフトウェアのパイプラインを構築したりする際に利用する簡単なスクリプト言語。
awk
テキストファイルに対してパターンマッチングを行って、マッチング部分に対してテキスト処理を行うスクリプト言語。
sed
テキストファイルに対してパターンマッチングを行って、マッチング部分を他のキーワードに置換するスクリプト言語。
コマンド
grep
テキストデータに対してパターンマッチングを行うコマンド。
圧縮と解凍
gz や bz2 形式の圧縮および解凍を行うコマンド。
ダウンロード
wget や curl などでファイルをダウンロードするコマンド。
chsh
システムが使用する標準シェルを変更するコマンド。
ssh
スパコンへの接続やファイルの転送を行うコマンド。
diff
二つのテキストファイルの内容の異なる部分を調べるコマンド。
fg
実行中のプログラムを一時停止させるためのコマンド。