コマンド | バイオインフォマティクス

Linux

2017.05.21

バイオインフォマティクスの分野では Linux がよく使われる。テキストマイニング、シミュレーションやビッグデータの処理などを得意とする。しかしながら、Linux は Windows とは違い、マウスのクリックだけでソフトウェアのインストールやビッグデータの処理が行えるわけではない。多くの場合、コマンドを利用してマシンに直接命令して、作業を進める必要がある。このページでは Linux を利用する上でよく利用されるコマンドについて情報を載せている。

Linux について

ディレクトリ構造		/usr 、/local 、/bin 、/home など、 Linux 上でよく見かけるディレクトリと名前とその意味。
プログラムのインストール	apt-get aptitude make	Linux にプログラムをインストールする方法。レポジトリからパッケージをダウンロードしてインストールする場合は apt-get あるいは aptitude を利用する。ソースファイルからインストールする場合は make を利用する。
パスの通し方	PATH	Linux マシンにパスを通す方法。

Linux コマンド

シェル	bash	Linux でよく使われる簡易スクリプト。同じ操作を何十回繰り返すような場合は、シェルを書いて簡単に済ませる場合が多い。
テキスト処理	awk	テキストを処理するスクリプト言語。ファイルに書かれている文章が、あるパターンにマッチしたときに、何らかの処理を施すことができる。
テキスト処理	sed	置換用スクリプト言語。あるパターンの文字を別のパターンに変更したりすることができる。
パターンマッチ	grep	パターンマッチした内容が存在するかどうかを調べる Linux のコマンド。
圧縮と解凍	tar gzip	.tar.gz、.bz2、.gz などの拡張子を持ったファイルを解凍する方法やファイルの圧縮方法。
ダウンロード	wget	ファイルをダウンロードするときに利用するコマンド。
	chsh	Linux に使う標準シェルを変更するコマンド。
	ssh scp	他のマシンやサーバーに接続する際に利用するコマンド。
文字コード	nkf iconv od	文字コードの確認、文字コードの変換や不正なバイナリ文字の除去など。
自動化	crontab	プログラムを定期的（決まった時間あるいは何時間毎などのよう）に実行したい場合に利用する。
画像処理	convert identify	ImageMagick のコマンドで、コマンドラインで画像処理を行う際に利用する。

その他のソフトウェア

エディタ	vim	Linux に標準搭載されたテキストエディタの設定項目など。
文書作成	TeX	Linux に TeX をインストール。
バージョン管理	git, svn	操作の備忘録的なもの。
キューイングシステム	qsub	大型コンピュータの利用。