OS (operation system) はシステムの管理を行う基本的なソフトウェアである。OS は、キーボートやマウスの操作情報を、Word/Power Point などのアプリケーションソフトウェア（応用ソフトウェア）に伝え、Word/Power Point に対する操作結果をディスプレイに表示させたり、記憶媒体（メモリ・ハードディスク）に保存させたりする機能を果たす。

OS には様々な種類のものが存在する。スマホの OS として Android や iOS などが馴染む深い。コンピューターの OS として、Windows、macOS や Linux 系（Ubuntu, Debian, Red Hat）などがある。macOS と Linux は、UNIX から分岐した OS であり、両者の基本的な部分が似ているため、コマンドを利用した操作もほぼ同じである。企業の業務用 OS として、GUI 操作いわゆるマウスによる直感的な操作に優れて、Office アプリケーションを簡易に利用できる Windows が多用される。一方で、ソフトウェア開発者などは、開発環境を構築しやすい macOS や Linux 系の OS がよく使われている。

バイオインフォマティクスの分野では、ソフトウェアの開発が盛んに行われている。多くのソフトウェアは macOS や Linux のみに対応し、Windows に対応していない場合が多い。そのため、様々なツールを使いこなしながら、効率よくデータ解析を行うには、macOS または Linux に慣れておく必要がある。一般的に無償の Linux でソフトウェアの開発やデータ解析を行うのが自由度が高い。しかし、バイオインフォマティクス分野の研究者は、論文や説明資料を作成しながら解析も行えるという理由で、macOS を好んで使用している場合が多い。

Linux

Linux 系の OS には Ubuntu、Debian、CentOS、Red Hat などがある。とりわけ、最近では GUI 操作に優れている Ubuntu がよく使われるようになった。Linux を学びたい初心者には Ubuntu がおすすめである。Ubuntu のユーザー数が多く、問題に直面したときでも、インターネット検索すればすぐに解決策が見つかる場合が多い。パーツを自由に組み合わせて注文する形式（BTO）をサポートしている業者やオンラインストアでは Linux 搭載のコンピューターを購入できるが、Windows 搭載のコンピューターに比べ入手しにくい。そのため、Linux を利用したい場合、(1) Windows が搭載されているコンピューターを購入し、Windows を削除した上で Linux をインストールするか、(2) Windows と Linux のデュアルシステムを構築するか、(3) Windows 上にバーチャル環境を構築して、そのバーチャル環境上に Linux をインストールして Linux を使うことが多い。

Linux では、大規模演算や並列演算が行えることがメリットがある。研究室のクラスタコンピューターやスーパーコンピューターなどに Linux 系の OS が使われる。バイオインフォマティクスの研究において、プログラムを手元のコンピューター（macOS や Ubuntu）で作成し、テスト実行を行なったのちに、これらのプログラムをクラスやスパコンに転送し、大規模データに対する解析を行うのが一般的である。クラスタやスパコンに対して、マウス操作などの GUI 操作が不可能であることから、Linux のコマンドによる CUI 操作に慣れておく必要がある。

macOS

macOS は Apple 社が開発した OS であり、Apple 社が販売している Macintosh コンピューターに搭載されている。Microsoft Office 系のアプリケーションが利用でき、かつ Linux のようにプログラム開発環境を整備しやすい。そのため、多くのバイオインフォマティクスの分野の研究者が macOS を好んで使用している。

Windows

Windows は Microsoft 社が開発した OS で、市場の大部分のシェアを占めている。マウス操作が容易で、Office 系のアプリケーションも簡易に利用できるため、事務業務や論文作成などには便利である。現在、Windows 上に Linux 開発環境も組み込まれて、プログラム開発環境もやや整備しやすくなってきた。しかし、依然として macOS や Linux に比べ、プログラム開発という側面から見て、Windows は使いづらい。