シロイヌナズナ共発現遺伝子データベース

ATTED-II

ATTED-II は、遺伝子の共発現データを保存しているデータベースである(Aoki et al., 2016)。対応生物種は主にシロイヌナズナであり、そのほかには大豆、トマト、稲やトウモロコシなどのデータも保存されている。ATTED-II では、共発現遺伝子を調べるだけでなく、共発現ネットワークの作成などの機能も備わっている。

共発現遺伝子の検索

ATTED-II データベースである遺伝子と共発現する遺伝子を調べることができる。基本的に ATTED-II CoExSearch に遺伝子名を与えればよい。例えば、エチレン受容体遺伝子 ERS1 (AT2G40940) の共発現遺伝子を調べるには次のようにする。

CoExSearch の使い方

検索を行うと、共発現遺伝子が出力される。例えば、ERS1 と共発現する遺伝子には、CTR1 (AT5G03730)、EIN3 (AT5G25350)、AT5G01210RAP2.2 (AT3G14230) などがある。ERS1 と共発現する遺伝子はエチレン応答経路上の遺伝子が多いことがわかる。

CoExSearch の検索結果はテーブルとして表示される。

共発現ネットワークの作成

ATTED-II の NetwordDrawer で共発現ネットワークを作成することができる。例えば、エチレン応答経路上のいくつかの遺伝子を利用して、共発現ネットワークを作成する場合は、以下のようにする。

ATTED-II を利用して共発現ネットワークを作成

作成された共発現ネットワークは次のようになる。共発現ネットワーク上に、入力した遺伝子の他にもいくつかの遺伝子が追加されている。

ATTED-II を利用して作成した共発現ネットワーク

References

  • Aoki Y, Okamura Y, Tadaka S, Kinoshita K, Obayashi T. ATTED-II in 2016: A Plant Coexpression Database Towards Lineage-Specific Coexpression. Plant Cell Physiol. 2015, 57(1):e5. DOI: 10.1093/pcp/pcv165 PMID: 26546318